تمثل الانتخابات أحد المجالات الرئيسية التي يعمل عليها مركز الكواكبي للتحولات الديمقراطية نظرًا لأهمية الانتخابات في الديمقراطيات الناشئة وفي البلدان التي تمر بمرحلة انتقالية ، إذ يعمل المركز بالتعاون مع المجتمع المدني ومع جهات حكومية في كل أنحاء المنطقة العربية على دعم انتخابات حرة ونزيهة.
من خلال مقاربة تقنية ، يقوم مركز الكواكبي بمساعدة خبراء بارزين من المنطقة ومن خارجها، بطرح جملة من المبادرات والأنشطة تخص مراقبة الانتخابات ، وصياغة التشريعات والرقابة على التمويل السياسي.