بدأ اهتمام  مركز الكواكبي بالعدالة الانتقالية في المنطقة العربية منذ أوائل سنة 2008 وذلك نظرًا لأهمية هذه المسألة في ضمان  نجاح التحولات الديمقراطية.

أفضت العديد من الاجتماعات وورشات التفكير في جميع أنحاء المنطقة عن استراتيجية للعمل ، وقائمة من أسماء الخبرة ، وديناميكيات متنامية تضم ممثلين من المنطقة العربية وخارجها..

أدت هذه الخطوات التأسيسية وفي سنوات لاحقة إلى تطوير برامج شاملة ومشاريع متنوعة، مما جعل المركز أحد الجهات الفاعلة الرئيسية في مجال العدالة الانتقالية في كل من تونس والمنطقة العربية ، وذلك بالتواصل مع مختلف المؤسسات الوطنية والإقليمية والدولية.