يخصص مركز الكواكبي جزءًا كبيرًا من عمله للمجتمع المدني، وذلك إدراكا منه على أهمية منظمات المجتمع المدني كقوة للتغيير في مسارات التحول الديمقراطي ، حيث يقوم بأنشطة تقتضي بناء القدرات ونسج الشراكات على المستويين الوطني والإقليمي. كما يعمل مركز الكواكبي على تطوير البرامج والمشاريع التي تهدف إلى تعزيز بيئة المجتمع المدني على مختلف المستويات الوطنية والإقليمية والدولية.
يتبنى مركز الكواكبي تعريفًا شاملا للمجتمع المدني ، بما في ذلك يضم الجمعيات والمنظمات غير الحكومية والمؤسسات الإعلامية والنقابات العمالية والمؤسسات الأكاديمية / البحثية والمدافعون/المدافعات عن الديمقراطية وحقوق الإنسان.
